Vào năm 1965, một số bệnh nhân ở tỉnh Niigata có hiểu hiện của căn bệnh Minamata. Bệnh Niigata Minamata gây ra bở nhiễm độc thuỷ ngân methyla ở vịnh sông Agano. Tuy nhiên, sự bùng phát lần thứ hai của bệnh Minamata này đã được phát hiện sớm. Mức độ bùng phát đã được kìm hãm so với lại căn bệnh Minamat đầu tiên xảy ra ở tỉnh Kumamoto. Kết quả điều tra nguyên nhân của căn bệnh đã quy cho khoa y của Trường đại học Niigata.[cần dẫn nguồn] Có một vài nhân tố có thể là nguyên nhân của cơn bùng phát như, dọc theo vịnh sông Agano có một vài nhà máy đã sử dụng thuỷ ngân trong quá trình sản xuất, các chất hoá học sử dụng trong nông nghiệp đã được dùng rộng rãi trong vùng, và khả năng cuối cùng có thể  là do một trận động đất đã xảy ra 1 năm trước đó ở Niigata.

Các triệu chứng của bệnh Niigata Minamata

Như được ngụ ý từ tên gọi, bệnh Niigata Minamata tương tự như bệnh Minamata; chúng đều có những triệu chứng tương tự:

·     Tê tay và chân

·     Không thể giữ thăng bằng

·     Chóng mặt, choáng váng

·     Ù tai

·     Thị lực đường hầm, chỉ nhìn thấy một khoảng hẹp

·     Điếc

·     Giảm khả năng giao tiếp (nói lắp)

Showa Denko

Vào mùa xuân năm 1966, các nhà nghiên cứu đã xác định rằng khả năng cao nguyên nhân của việc đổ thuỷ ngân methyla là do nhà máy của tập đoàn Showa Denko.[8] Showa Denko được đặt tại đầu nguồn của con sông Agano, và tương tự như trường hợp của tập đoàn Chisso, Showa Denko đã từ chối tất cả các lời cáo buộc rằng họ là nguyên nhân của đợt bùng phát căn bệnh Niigata Minamata.

Kết quả của căn bệnh Niigata Minamata

Sau rất nhiều tranh cãi, Showa Denko đã bị tìm thấy là có tội trong việc cẩu thả xả chất thải của mình và bị buộc phải trả hết số tiền bồi thường cho tất cả các nạn nhân của bệnh Niigata Minamata. Trong năm mà Niigata Minamata đã được phát hiện ra,[khi nào?] có 26 người đã bị xác định là nhiễm bệnh, và 5 người chết do nhiễm độc thuỷ ngân.